Giovanni Paolo Colonna (Bologna, 16 giugno 1637 – Bologna, 28 novembre 1695) è stato un compositore e organista italiano del periodo barocco.
Fu allievo di Agostino Filippuzzi a Bologna e, a Roma, di
Antonio Maria Abbatini, di
Orazio Benevoli e di
Giacomo Carissimi. Per un breve periodo fu forse organista della chiesa romana di Sant'Apollinare. Nel 1659 divenne secondo organista della basilica di San Petronio a Bologna e nel novembre del 1674 ne fu eletto maestro di cappella; preferì conservare questo incarico a quello, offertogli dal papa Innocenzo XII, di maestro di cappella della basilica di San Pietro in Vaticano. Fu prediletto dal sacro romano imperatore
Leopoldo I d'Asburgo e da Francesco II d'Este duca di Modena, anch'essi musicisti esperti, e fu riconosciuto altresì come il massimo compositore vivente da
Angelo Berardi, importante teorico musicale del secondo '600. Importante didatta, fu maestro dei fratelli Antonio e
Giovanni Bononcini tra gli altri.
Ne sopravvivono oltre un centinaio, a stampa e manoscritte, nei fondi bibliotecari di Bologna, Modena, Londra, Oxford e Vienna in particolare.